Az M1 Kék bolygó című műsorában az MTA Balatoni Limnológiai Kutatóintézet kutatója, Specziár András elmondta, hogy a turizmusnak van egy olyan közvetlen hatása, melynek következtében sok nyaraló és horgász jelenik meg a tónál. A horgászok nagyobb területterhelést okoznak bizonyos halfajok kifogásával, amit részben sikerül kompenzálni a haltelepítésekkel. A turizmus azonban rendelkezik egy olyan közvetett hatással is, melynek következtében be kell avatkozni a tó élő környezetébe.
Bár a Balaton vízminősége hosszú évek óta kiváló, tény, hogy számos olyan anyag kerül ilyenkor a tóba, amely káros a benne élő szervezetekre. Minden vegyszer, amit kiviszünk a természetbe, hatással van az élőlényekre
– mondta Pálffy Károly, az MTA Balatoni Limnológiai Kutatóintézet tudományos munkatársa. Hozzáfűzte, hogy ezek az anyagok kismennyiségben vannak jelen, hatásukat nehezen lehet kimutatni. A gyógyszerszármazékok jelenléte alacsony a Balatonban, de nem mindegy, hogy hol nézzük: "egy adott mintavételi hely detektált profilja alapján kimutatható, hogy inkább a turizmus által érintett területről vagy a tisztított szennyvízről van szó, amely behozza az adott szennyezőket." Emellett a fürdőzők által közvetlen módon kerülnek bele a tóba a szennyeződések.
A lap azt írja, hogy további probléma, hogy mivel a balatoni szennyvízhálózat állandó méretezéssel működik egész évben, a turistaszezonban oly mértékben megnő az itt lévő emberek száma, hogy ez már a keletkezett szennyvíz mennyiségben is jelentkezik.
Az úgynevezett rekreációs szerek, úgy, mint a koffein, jóval nagyobb koncentrációban mutathatók ki a Balatonban nyáron, mint télen.
Ez nem jelent egészségügyi kockázatot ahogy az algák jelenléte sem. A vízben lévő szervetlen tápanyagok mennyisége azonban gondot jelent. Ahogy írják, ez azért fontos, mert ezek a szervetlen tápanyagok nyújtják a táplálékbázist a vízben lévő algák számára, és az algák alkotják a vízi táplálékhálózat bázisát. Ha ebből nincs jelentős mennyiség a vízben, az még nem jelent nagy problémát a vízminőség szempontból, viszont a nyári hőmérséklet és a kedvező tápanyagmennyiség mellett elkezdhetnek nagyobb mértékben szaporodni.